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撰寫生物學英文論文時所需要注意的重點:格式、斜體、學名寫法、基因符號等寫法

作者: Steve Wallace


發布日期: 2015 / 4 / 9,

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撰寫生物學英文論文時所需要注意的重點:格式、斜體、學名寫法、基因符號等寫法

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前言

 

優質寫作的標準,無論是在科學領域或其他學術領域中都是相同的,不外乎是需要正確的文法、標點符號的使用以及寫作風格等。此外,用字的精準度、語意傳達的清晰度以及文章的良好組織也十分重要。

 

雖然領域的詞彙可能令人生畏,但您必須要能精通使用這些詞彙(在某些領域中,這可能代表相當廣泛的詞彙範圍)。科學術語在意義表達上需要非常精確,而且這些字彙通常根基於拉丁或希臘字源,因此擁有領域的詞彙表是必備的。

 

然而,過度使用術語也可能導致一篇科學論文難以被讀者理解。作者必須注意某些科學領域的特定寫作習慣,若是忽略了這些慣例,即使文章在文法及用字各方面都是正確的,也可能會被認為是有問題的。

 

培養優質寫作技巧的最佳方式就是在閱讀優秀的科學論文時,仔細留意那些文章的細節。

 

相關文章推薦:在學術寫作裡敘述研究貢獻以及展現個人風格

 

學術寫作的目標是以簡潔的方式呈現研究成果,因此,寫作時請務必使用最簡單明瞭的語言。以正確的文法和拼字清楚且俐落地組織、表達您的想法,並刪除所有不相關的資訊,無論該資訊是多麼地有趣,或是您花了多久時間才找到它。

 

以下列出一些經常在生物學相關的文章中使用的書寫慣例。

 

基因和蛋白質符號的書寫慣例

 

在遺傳學文章中,讀者經常很難分清楚究竟作者指的是一個基因或是其相對應的蛋白質。尤其當讀者想要了解複雜的分子系統,或是作者如何使用這些系統來研究方法時,這問題又更加地惱人了。為了釐清混淆,避免帶給審閱者和讀者困擾,您必須遵守書寫基因和蛋白質符號的格式慣例,並在整篇文章中保持一致。

 

一般格式和寫作指引

 

在文章中盡量使用標準的基因名字和符號,最好是在針對特定生物體的社群資料庫中找到的標準用字,例如:human(www.genenames.org)、rat( rgd.mcw.edu)、mouse (www.informatics.jax.org)、zebrafish(zfin.org)、flies(flybase.org)、worms(www.wormbase.org)。

 

科學及醫學期刊一般都會要求作者務必使用標準的基因名稱和符號,倘若某個基因尚未有被認可的名稱或符號,可以向相關資料庫或專業的協會註冊新的名稱或符號。

 

一般來說,基因符號需要以斜體表示(例:IGF1),蛋白質符號則不用(例:IGF1)。RNA 以及互補 DNA(complementary DNA,cDNA)的符號格式皆與基因的符號格式相同。

 

如果在一張表格中同時列出了許多基因,則作者可以自行決定(或由期刊編輯決定)是否要以斜體表示基因符號。

 

當寫出基因的完整名稱時,不須使用斜體,例如:insulin-like growth factor 1。此外,基因型(genotype)命名應為斜體,表現型(phenotype)命名則不用。

 

相關文章推薦:在專業技術性的論文中,何時該使用斜體字?

 

雖然專家讀者早已熟悉基因和蛋白質的表示符號,但一般來說,非該領域專業的讀者都對特定基因或蛋白質的表示方式不甚了解。

 

因此,建議您寫出完整的基因或蛋白質名稱,並在該名稱第一次出現時,在其後以括號的方式呈現該基因或蛋白質的符號,例如:huntingtin gene (HTT )。若您想投稿至擁有廣大讀者群的期刊,更應該遵循規定呈現符號。

 

除了符號的書寫格式,您也可以藉由字詞的選用來強調基因和蛋白質的不同。

 

比方說,您可以明白表示自己指稱的是基因或是蛋白質,尤其是當一個句子同時提及此兩者時。例如:We quantified APOE gene expression and APOE protein levels . . .。當討論基因時,可以選擇性地使用 expression 這個字,而在指稱 RNA 或蛋白質時使用 levels。

 

有些格式慣例會依生物體的類別而有不同使用方式,以下將逐一說明。

 

特定生物類別的格式指引

 

不論哪種生物類別,一般規則都是基因符號使用斜體,而蛋白質符號使用正體。但是,基因和蛋白質符號中的字母、數字組成以及大小寫方式,會因不同類別的生物體而有所不同。

 

人類、非人類之靈長類以及家畜: 基因符號可能是由三至六個大寫斜體字母組成(例:AFP),也可能是由字母和阿拉伯數字(1、2、3)組成,但必須以字母開頭。基因符號通常不會包含羅馬數字(I、II、III)、希臘字母(α、β、γ)以及標點符號。蛋白質符號除了不須斜體以外,其他表示方式與它們所對應的基因符號相同(例:AFP)。

 

小鼠與大鼠: 基因符號為斜體,僅有首位字母大寫(例:Gfap)。蛋白質符號則為正體,並且所有字母皆為大寫(例:GFAP)。

 

魚類: 與一般規則不同,魚類基因的完整名稱須為斜體,如 brass。基因符號也同樣為斜體,但所有字母小寫,如 brs。而蛋白質符號則為正體,首位字母大寫,如 Brs。

 

蠅類: 在以下情況中,基因名稱和符號皆須以大寫字母開頭:一、該基因是為了某個蛋白質而被命名;二、該基因首次被命名是為了某個突變表現型,且此突變表現型對野生種表現型而言是顯性(例:Rpp30)。

 

若該基因首次命名是為了某個對野生種表現型而言為隱性的突變表現型,則此基因的名稱和符號皆以小寫字母開頭(例: kis)。蠅類的基因符號為斜體,蛋白質符號不須斜體。為了某個基因而被命名的蛋白質符號首位字母應大寫,而對於並非為了基因而被命名的蛋白質,目前尚未有公認的格式規定。

 

蠕蟲: 蠕蟲之基因符號為斜體,其組成一般而言為三到四個英文字母、連字號以及一個阿拉伯數字,例如 abu-1。蛋白質符號不須斜體,所有字母大寫,例如 ABU-1。

 

細菌: 細菌的基因符號通常是由三個斜體的小寫英文字母組成,為該基因產物所涉及的過程或途徑的縮寫。例如,rpo 基因為 RNA polymerase 的縮寫。另外,為了區分不同的等位基因,此縮寫後面需加上一個大寫字母,例如 rpoB 基因代表 RNA polymerase 的 β 次單元。蛋白質符號不須斜體,開頭字母大寫,例如:RpoB。

 

舉例來說,影響乳糖降解的突變種被稱為 lac,在這三個字母後面加上一個大寫字母,便可以區分影響相同途徑的不同基因。例如,lacZ基因代表的是 ß-galactosidase 酵素,而 lacY基因指的是 lactose permease 酵素。

 

突變命名法

 

如果所探討的基因是野生型,則在其名稱後面加上上標 +,例如:

 

  • leuA+

 

如果基因為突變型,則在其名稱後面加上上標 -:

 

  • leuA

 

也可以加上額外的上標或下標,顯示更多關於該突變基因的資訊:

 

  • ts :對溫度敏感(leuAts
  • cs :對寒冷敏感(leuAcs
  • am :琥珀突變(leuAam
  • R :具抵抗性(rifR

 

其他標記:

 

  • Δ:刪除(ΔleuA
  • -:融合(leuAlacZ
  • ::融合(leuA:lacZ
  • :::插入(leuA::Tn10
  • Ω:由雙點交配所導入的基因構築質體(ΩleuA
  • Δ基因名稱::藥物抵抗性標記:刪除/置換(ΔleuA::npt 表示 leuA 基因已被刪除,且置換為 neomycin phosphotransferase 的基因,能夠抵抗康黴素)

遵循以上格式雖已足夠增強科學寫作的精確度,避免讀者產生混淆,但仍須注意不同期刊對於遺傳學專有名詞的特殊書寫格式(例如基因、RNA、cDNA、蛋白質、基因型、表現型、突變等位基因)。

 

在投稿前,建議您先確認文章是否遵守目標投稿期刊的寫作規範,在期刊網站上的 Instructions for Authors 中通常能找到相關規定。

 

胺基酸書寫慣例

 

核苷酸雖然只有四種(A、C、G、T),但其中三種所組成的序列便可以組成一種胺基酸。而被稱為三聯體(triplets)的此三個核苷酸,則形成了一個密碼子(codon)。

 

三個字母的縮寫用於胺基酸鏈、密碼子數以及突變。

 

例子:

 

  • Arg-506
  • Arg506Gln
  • Met-Phe-Val-Asn-Gln-His

 

注意: 需謹慎使用單一字母的縮寫

 

例子:

 

  • MFVNQH(而非 Met-Phe-Val-Asn-Gln-His)

 

胺基酸的縮寫方式是由國際純粹與應用化學聯合會(International Union of Pure and Applied Chemistry,IUPAC)所規定。

 

生物體命名慣例

 

生物有機體通常都有一個正式的學名(拉丁文二名法)以及一個或多個俗名。由於慣用俗名總是因地區而有所不同,因此溝通上必須使用學名以避免誤會。學名由兩部分組成(因此稱為二名法),第一部分為屬名(genus),第二部分為種名(species)。屬名的字首必為大寫,而種名則永遠是小寫,兩者皆應以斜體或底線標示。

 

相關文章推薦:重要的名詞、標題、單字,該如何遵循首字母大寫原則?

 

生物體命名法在近年有所改變,要求科名(family)也應該為斜體,但尚未被普遍採用。儘管如此,科名的字首永遠都是大寫。此外,在種名之後也可加上亞種(subspecies)、變種(variety)或命名者(命名來源)的名稱。

 

前兩者是在斜體的種名後面加上正體的 ssp. 或 var.,至於命名者,則加在種名之後且永遠為正體,只在文章第一次提及該生物體時使用。

 

在文章中第一次提到某個生物體時,須將其完整的屬名及種名寫出來。在此之後,可以只使用屬名的第一個字母加上完整的種名。該生物體俗名的第一個字母必須大寫,但不用斜體。

 

例子:

 

俗名 Coast Redwood
完整屬名、種名以及命名者名稱 Sequoia sempervirens (D. Don) Endl.
第二次以後在文章中提及可用簡寫 S. sempervirens

 

生物種的縮寫為 sp.(複數為 spp.),通常用於屬名之後,表示某屬別中的一個種類。在某些情況下,可能會有某個生物體尚未被描述為一個種類,或尚未進行足夠試驗來鑑定此物種;亦即,此生物體的種類為未知,但已知其屬別。此時,便可使用這樣的縮寫來指稱此未知生物種,例如:Halomonas sp. GFAJ-1。

 

栽培品種名稱

 

栽培品種(cultivar)是一種或多種因為擁有某些目標特性而被選中,並透過繁殖來繁衍的植物。栽培品種的命名是由國際栽培植物命名法規(ICNCP,Cultivated Plant Code)所規定。

 

栽培品種的名字是由該植物的學名(屬、種、種下分類群、種間雜種或屬間雜種),加上品種尾名(cultivar epithet)而成。品種尾名應放在單引號內,若植物名稱為斜體字,則品種尾名須為正體字。並且,品種尾名中的每個字第一個字母皆須大寫(但也有例外情況,例如連接詞)。

 

正確表示方式:

 

Cryptomeria japonica ‘Elegans’

Chamaecyparis lawsoniana ‘Aureomarginata’ (1959年以前的命名,使用拉丁文)

Chamaecyparis lawsoniana ‘Golden Wonder’ (1959年以後的命名,使用英文)

Pinus densiflora ‘Akebono’ (1959年以後的命名,使用日文)

Apple ‘Sundown’

 

錯誤表示方式:

 

Cryptomeria japonica “Elegans” (不可使用雙引號)

Berberis thunbergii cv. ‘Crimson Pygmy’ (這樣的寫法曾經很普遍,但現在已不被接受。因為現在已經不可使用 cv.,應該寫成 Berberis thunbergii ‘Crimson Pygmy’)

 

限制酶之命名法慣例

 

「限制酶 restriction enzyme」和「限制性內切酶 restriction endonuclease」為同義詞,通常縮寫為 REase(有時候是 R),但是 ENase 也已被廣泛使用。

 

REase 或 MTase 可取其名稱中的前三個字母作為縮寫,不須斜體。目前多數期刊都避免使用斜體字。

 

範例:

 

  • SmaI(非 SmaI)
  • AccI
  • HaeII

 

在限制酶的名稱中,縮寫和羅馬數字間不應有空格。

 

角分符號( Prime symbol

 

角分符號(′)、角秒符號(″)、三個撇號(″′)等等。

 

在分子生物學中,角分符號被用來表示去氧核糖(deoxyribose)或核糖(ribose)的一環中碳的位置。它所區分的是在這兩個化學物質上的位置,而非在 DNA 或 RNA 的其他部分上的位置,如磷酸基團(phosphate groups)或核酸(nucleic acids)。

 

因此,當要描述一個酵素沿著 DNA 字串移動的方向,生物學家會說,「此酵素從 5′ 的尾端移動到 3′ 的尾端」,因為這些碳原子是掛在該分子的尾端。角分符號也可用來標示某個分子所依附的位置,例如 5′-monophosphate。

 

大小寫使用

 

如果某個縮寫或名稱的第一個字母原本應該小寫,那麼即使將它放在句子的開頭,仍應保持小寫。

 

範例:

 

  • Our study determined the protein to be p53. p53 has been studied extensively.

 

相關連結:

Pomona College: Tips on Writing Your Thesis

BioScience Writers: Guidelines for Formatting Gene and Protein names

The NCBI Style Guide: Genes and Protein Designations

Wikipedia: International Code of Nomenclature for Cultivated Plants

 

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